L'article 21 de la loi 2000-321 du 12 avril 2000, relative aux droits des citoyens dans leurs relations avec les administrations a été modifié par l'article 1 de la loi n°2013-1005 du 12 novembre 2013 dans le sens où, maintenant, à compter du 14 novembre 2014, suite à un recours écrit de la part d'un citoyen pour contester une décision d'une administration, le silence gardé pendant deux mois par l'autorité administrative sur une demande vaut décision d'acceptation, sauf exceptions listées par décrets par les différents ministères.

Voir la liste des procédures pour lesquelles le silence gardé par l’administration sur une demande vaut accord

Cependant, le silence gardé par l'administration pendant deux mois vaut toujours décision de rejet dans les relations entre les autorités administratives et leurs agents

Pour mémoire, en cas de refus implicite de rejet (absence de réponse pendant deux mois suite à un recours gracieux ou hiérarchique) vous pouvez connaitre la motivation de ce refus conformément aux dispositions mentionnées dans l'article L232-4 du code des relations entre le public et l'administration prévoyant qu’: « à la demande de l'intéressé, formulée dans les délais du recours contentieux, les motifs de toute décision implicite de rejet devront lui être communiqués dans le mois suivant cette demande. Dans ce cas, le délai du recours contentieux contre ladite décision est prorogé jusqu'à l'expiration de deux mois suivant le jour où les motifs lui auront été communiqués ». 

En conclusion, rien ne change pour les agents de l’État appelés à effectuer des recours gracieux ou hiérarchiques. 

Voir décret n° 2014-1303 du 23 octobre 2014 relatif aux exceptions à l’application du principe « silence vaut acceptation », pris en application du II de l’article 21 de la loi n° 2000-321 du 12 avril 2000 relative aux droits des citoyens dans leurs relations avec les administrations.

Ce décret mentionne dans son article 1 : 

«  En application des dispositions du II de l'article 21 de la loi du 12 avril 2000 susvisée, le silence gardé pendant deux mois par une administration de l'Etat ou un établissement public administratif de l'Etat sur une demande vaut décision de rejet :

1° Lorsque la demande est adressée par une personne en qualité d'ayant droit ou ayant cause d'un agent ;

2° Lorsque la demande s'inscrit dans une procédure d'accès à un emploi relevant de l'Etat ou de l'un de ses établissements publics administratifs. »

Voir également circulaire FP du 12 mars 2015 relative à l’application des exceptions au principe « silence vaut acceptation » dans les relations entre les agents et les autorités administratives de l’État.